インボイス制度とは｜概要・想定される影響・事業者が取るべき対応などを解説

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、消費税の仕入税額控除を受ける場合に、適格請求書等の保存が必要となる制度です。2023年10月1日からの開始が予定されています。

インボイス制度により、消費税の仕入税額控除の要件が厳格化されます。特に年間売上1,000万円以下の零細事業主は、これまで享受できていた「益税」のメリットを失う可能性があるなど、大きな影響が生じるので注意が必要です。

今回は、インボイス制度の概要・想定される影響・事業者が取るべき対応などを解説します。

2019年10月1日より、軽減税率制度が開始されました。軽減税率制度により、一部の飲食料品や新聞は8％、その他の商品やサービスは10％と2種類の消費税率が適用されるようになっています。

事業者が消費税を納付する際には、売上に応じた消費税額を正確に把握・計算しなければなりません。しかし2種類の税率が適用されている状況では、各商品・サービスについてどちらの税率が適用されるかを個別に判断しなければならず、計算ミスなどが発生しやすくなります。

インボイス制度によって発行が求められる「適格請求書等（インボイス）」には、商品・サービスに適用される消費税率と消費税額を明記することが義務付けられています。

一目で消費税率と消費税額を把握できる適格請求書等を発行させることで、消費税の申告・納付を円滑化してミスを減らすことが、インボイス制度の主な目的です。

その一方で、免税事業者が享受している「益税」をなくすことも、インボイス制度の目的の一つであることが指摘されています。「益税」とインボイス制度の関係性については、後述します。

インボイス制度(適格請求書)等には、軽減税率の適用の有無や税率ごとの売上・消費税額などが明記されるため、消費税の申告・納付を行う際の参照資料として便利です。適格請求書等を発行する側（商品・サービスを提供する側）にとっては、「適格請求書発行事業者」であることにより、取引先からの信頼を得られるメリットが期待されます。

適格請求書発行事業者になるには、税務署に対して届出を行ったうえで、消費税を申告・納付する義務を負わなければなりません。このことは事業者にとって負担になる一方で、きちんと税務上の手続きを行っている健全な事業者であるとして、取引先からの信頼を得られる可能性があるでしょう。

「仕入税額控除」とは何かについて、消費税の申告・納付に関するルールを確認しておきましょう。

受取消費税から支払消費税を控除して納税すること

「仕入税額控除」とは、事業者が納付する消費税を計算する際、受け取った消費税から支払った消費税を控除することを意味します。

たとえば、以下の設例を考えます。

設例①

• スーパーマーケットを運営するX社は、卸売業者から食材Aを1,080円（うち消費税80円）で仕入れた。
• X社は、顧客に対して食材Aを1,620円（うち消費税120円）で販売した。

設例①では、X社は顧客から120円の消費税を受け取る一方で、卸売業者からの仕入れの際に80円の消費税を支払っています。X社が納付義務を負う消費税の金額は、受取消費税から支払消費税を控除した40円です。この場合、支払消費税である80円を控除することを「仕入税額控除」と言います。

実際には、事業年度（個人事業者の場合は1月1日から12月31日まで）における受取消費税と支払消費税を通算したうえで仕入税額控除を行い、最終的に申告・納付する消費税額が決まります。

例外①｜簡易課税制度

仕入税額控除には、2つの例外が設けられています。

1つ目の例外が、消費税の「簡易課税制度」です。[参考：No.6505 簡易課税制度｜国税庁]

簡易課税制度とは、消費税の仕入税額控除を実額ではなく、売上に係る受取消費税額の一定割合によって行う制度です。中小事業者の納税事務負担を軽減する目的で認められています。簡易課税制度が適用されるのは、以下の要件をいずれも満たす事業者です。

1. 消費税の課税事業者であること
2. 基準期間※の課税売上高が5,000万円以下であること
3. 税務署に消費税簡易課税制度選択届出書を提出したこと
   基準期間：個人事業者の場合は前々年（1月1日から12月31日まで）、法人の場合は前々事業年度

簡易課税制度の適用を受ける場合、以下の計算式によって仕入控除税額を計算します。

仕入控除税額
＝（課税標準額に対する消費税額－売上に係る対価の返還等の金額に係る消費税額）×みなし仕入率

	みなし仕入率
第1種事業（卸売業）	90％
第2種事業（小売業、農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業に限る））	80％
第3種事業（農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業を除く）、鉱業、建設業、製造業、電気業、ガス業、熱供給業、水道業）	70％
第4種事業（第1種事業、第2種事業、第3種事業、第5種事業、第6種事業以外の事業）	60％
第5種事業（運輸通信業、金融業、保険業、サービス業（飲食店業に該当するものを除く））	50％
第6種事業（不動産業）	40％

たとえば、以下の設例を考えます。

設例②

• 年間課税売上高2,200万円（うち受取消費税200万円）の個人事業者Y
• インターネットを利用したサービス業（みなし仕入率50％）
• 簡易課税制度を適用

設例②では、課税仕入に対応する支払消費税の実額にかかわらず、仕入控除税額は100万円となります。

仕入控除税額 ＝ 200万円×50％ ＝ 100万円

したがって、Yが納付すべき消費税額は、受取消費税から仕入控除税額を差し引いた100万円です。

簡易課税制度の適用を受ける場合、消費税の申告・納付に当たって、支払消費税の実額を計算する必要がありません。そのため簡易課税制度の対象事業者については、インボイス制度の開始後も、適格請求書等の保存義務が免除されています。

例外②｜免税事業者

仕入税額控除に関する2つ目の例外が、消費税の「免税事業者」です。

参考：No.6501 納税義務の免除｜国税庁

消費税の免税事業者となるのは、以下の要件をいずれも満たす事業者です。

1. 基準期間※における課税売上高が1,000万円以下であること
2. 特定期間※における課税売上高または給与等支払額の合計額が1,000万円以下であること
3. 法人の場合、資本金の額または出資の金額が1,000万円以上でないこと
4. 法人の場合、特定新規設立法人に該当しないこと
5. 税務署に消費税課税事業者選択届出書を提出していないこと
   ※基準期間：個人事業者の場合は前々年（1月1日から12月31日まで）、法人の場合は前々事業年度
   ※特定期間：個人事業者の場合は前年の1月1日から6月30日まで、法人の場合は前事業年度開始の日以後6か月間

免税事業者は、消費税を申告・納付する義務を負いません。仮に売上に伴い、取引先から消費税を受け取っている場合も同様です。つまり免税事業者は、受け取った消費税を納付せず、「益税」として自分のものにすることが認められています。

免税事業者は、そもそも消費税の申告・納付を行わないため、仕入税額控除が問題になることもありません。そのため免税事業者については、インボイス制度の開始後も、適格請求書等の保存義務は免除されます。

適格請求書等として認められる書類４種

消費税の仕入税額控除を受けるために、保存が必要となる適格請求書等に該当する書類は、以下のとおりです。

①適格請求書

適格請求書等の原則的な形態です。請求書・納品書・レシートなどの名称を問わず、所定の記載事項が網羅されていれば「適格請求書」に該当します。

②適格簡易請求書

不特定多数の者に対して販売等を行う小売業・飲食店業・タクシー業等に係る取引については、適格請求書の記載事項を一部省略した「適格簡易請求書」の交付・保存が認められています。

③仕入明細書等

売手ではなく、買手が作成した仕入明細書等も、所定の事項が記載されていれば適格請求書等として認められます。ただし、署名や電子メールなどを通じて売手側の確認を受けなければなりません。

④電子インボイス

適格請求書または適格簡易請求書は、書面での交付に代えて電子データで提供することもできます（電子インボイス）。電子インボイスの記載事項は、書面の適格請求書または適格簡易請求書と同様です。

適格請求書等の記載事項

適格請求書等には、以下の事項を記載しなければなりません。

適格請求書（または電子インボイス）の記載事項

①適格請求書発行事業者の氏名または名称および登録番号
②取引年月日
③取引内容（軽減税率の対象品目である旨）
④税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）および軽減税率
⑤税率ごとに区分した消費税額等
⑥書類の交付を受ける事業者の氏名または名称

適格簡易請求書（または電子インボイス）の記載事項

①適格請求書発行事業者の氏名または名称および登録番号
②取引年月日
③取引内容（軽減税率の対象品目である旨）
④税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）
⑤税率ごとに区分した消費税額等または適用税率

仕入明細書等の記載事項

①仕入明細書等の作成者の氏名または名称
②課税仕入れの相手方の氏名または名称および登録番号
③課税仕入れを行った年月日
④課税仕入れの内容（軽減税率の対象品目である旨）
⑤税率ごとに区分して合計した課税仕入れに係る支払対価の額および適用税率
⑥税率ごとに区分した消費税額等

消費税の課税事業者であることが必要｜免税事業者は発行不可

適格請求書発行事業者となるためには、消費税の課税事業者であることが必須となります。免税事業者は、適格請求書発行事業者になることができないのでご注意ください。

なお、以下のいずれかの要件を満たす事業者については、自動的に消費税の課税事業者となります。

1. 基準期間※における課税売上高が1,000万円を超えていること
2. 特定期間※における課税売上高および給与等支払額の合計額がいずれも1,000万円を超えていること
3. 法人の場合、資本金の額または出資の金額が1,000万円を超えていること
4. 法人の場合、特定新規設立法人に該当すること
   ※基準期間：個人事業者の場合は前々年（1月1日から12月31日まで）、法人の場合は前々事業年度
   ※特定期間：個人事業者の場合は前年の1月1日から6月30日まで、法人の場合は前事業年度開始の日以後6か月間

年間売上1,000万円以下であっても、課税事業者になることを選択できる

免税事業者は、適格請求書等を発行できない、支払消費税が受取消費税を超過した場合に消費税の還付を受けられないなどのデメリットがあります。年間売上1,000万円以下など、免税事業者の要件を満たす場合でも、税務署に届出を行うことで課税事業者となることができます。

インボイス制度の開始に伴って消費税の課税事業者になりたい場合には、後述するインボイス制度の登録申請と併せて、税務署に消費税課税事業者選択届出書をご提出ください。

参考：消費税課税事業者選択届出手続｜国税庁

税務署への登録申請が必要

インボイス制度に基づく適格請求書等を発行するためには、税務署に登録申請書を提出して、適格請求書発行事業者としての登録を受けなければなりません。なお、インボイス制度が始まる2023年10月1日から登録を受けるには、原則として2023年3月31日までに登録申請手続きを行う必要があります。

適格請求書等の発行を予定している事業者は、早めに登録申請手続きを行っておきましょう。

参考：適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用）｜国税庁

サイト上で登録番号を入力すると、対応する適格請求書発行事業者が表示されるようになっています。

その一方で、登録番号以外による検索はできません。特に買手側で仕入明細書等を作成する場合には、適格請求書発行事業者公表サイトでは登録番号を検索できませんので、売手に登録番号を確認する必要があります。

なお、適格請求書発行事業者としての登録は取り消される場合もありますので、登録が有効であるかどうかを取引の都度確認することをお勧めいたします。

免税事業者が取引上不利になる

事業者が消費税の申告・納付に当たって仕入税額控除を受けるには、原則として売手が発行する適格請求書等を保存しなければなりません。

適格請求書等を発行できるのは、消費税の課税事業者のみであり、免税事業者は発行できません。つまり、免税事業者からの仕入れについては仕入税額控除を受けられないため、実質的に免税事業者への発注コストが上がってしまいます。

たとえば、以下の2つの設例を考えます。

設例③-a

設例③-b

設例③-bでは設例③-aに比べて、税抜価格は同じであるにもかかわらず、X社の利益が80円減少しています。つまり、免税事業者と取引をすると、課税事業者と取引した場合よりも税制上不利になってしまうのです。このような取扱いを踏まえて、免税事業者との取引を敬遠したり、免税事業者に対して消費税を支払わなくなったりする事業者が増えるものと予想されています。

免税事業者から課税事業者への移行が進む｜「益税」の減少

インボイス制度の開始により、免税事業者が取引上不利な立場となってしまうことを受けて、課税事業者への移行を選択する免税事業者が増えることになるでしょう。課税事業者になれば、税務署の登録を受けることで、適格請求書等を発行できるようになります。その一方で消費税の申告・納付義務が発生するため、従来は享受できていた「益税」のメリットが失われてしまいます。

益税が減少すれば、国の税収は増える一方で、年間売上1,000万円以下の零細事業者にとっては資金繰りが厳しくなることが想定されます。

以下の表に従い、免税事業者からの課税仕入れについても、一定割合を仕入税額控除の対象とすることが認められます。

2023年10月1日～2026年9月30日	80％
2026年10月1日～2029年9月30日	50％
2029年10月1日～	控除不可

ただし、いずれにしても仕入税額控除の割合が20％または50％減るため、免税事業者が不利な立場となる点に変わりはありません。また、2029年10月1日移行は経過措置が撤廃されるため、免税事業者にとってはいっそう厳しい状況になるものと思われます。

5,000万円超｜2023年3月31日までに税務署へ登録申請をする

基準期間の課税売上が5,000万円を超えている場合、自動的に消費税の課税事業者となり、また仕入税額控除の簡易課税制度を選択することもできません。インボイス制度との関係では、課税事業者として直ちに登録要件を満たすため、適格請求書等を発行できるように登録申請を行っておきましょう。

2023年10月1日から適格請求書等を発行するためには、原則として2023年3月31日までに登録申請を行う必要があるため、早めの登録申請をお勧めいたします。

1,000万円超5,000万円以下｜登録申請＋簡易課税制度の利用を検討する

基準期間の課税売上が1,000万円超5,000万円以下の場合も、自動的に消費税の課税事業者となり、適格請求書発行事業者の登録要件を満たします。そのため、2023年3月31日までに税務署へ登録申請を行いましょう。

その一方で、基準期間の課税売上が1,000万円超5,000万円以下の事業者は、仕入税額控除の本則課税（実額による計算）と簡易課税制度（みなし仕入率による計算）のいずれかを選択できます。売上に対する仕入れの割合などから、自社にとってどちらが有利であるかを検討したうえで課税方法を選択してください。

簡易課税制度を選択する場合には、税務署への届出が必要となりますので、適格請求書発行事業者の登録申請書と併せて提出しておきましょう。

1,000万円以下｜課税事業者・免税事業者のどちらかを選択する

基準期間の課税売上が1,000万円以下の場合、課税事業者か免税事業者のいずれかを選択できます。これまで解説したとおり、免税事業者は適格請求書等を発行できません。取引先との関係で、適格請求書等を発行できないことが不利に働きそうな場合には、課税事業者への移行も検討すべきでしょう。

また、課税事業者に移行する場合には、本則課税と簡易課税制度のどちらを選択するかについてもご検討ください。ただし、仕入税額控除に関する適格請求書等の保存義務は、以下の者については適用されません。

1. 簡易課税制度の適用を受ける課税事業者
2. 免税事業者
3. 事業者でない者（一般消費者）

上記のいずれかに該当する者が主要な取引先の大半を占める場合には、免税事業者にとどまることも考えられます。

まとめ

いずれにしても、インボイス制度への対応については、自社の売上や取引先構成などに応じて検討する必要があります。適宜弁護士や税理士などのアドバイスを受けながら、自社にとってベストな選択肢を模索してください。